تم اعتقال وترحيل مبارك للمرة الأولى من قبل الامن العام اللبناني إلى السودان في عام 2016، بالرغم من حصوله على الاقامة القانونيّة. واعتقلته حينها المخابرات السودانية فور وصوله إلى المطار. تعرّض للتعذيب اليومي على مدى 7 أشهر على يد المخابرات العسكريّة مما أدى إلى تدهور صحّته النفسية والجسديّة بشدّة.

وأفاد مبارك أنّ عام 2018، حكمت عليه المحكمة العسكريّة بالإعدام دون مراعاة الإجراءات القانونيّة الواجبة. كما أفاد بأنه تم استبدال زيه في السجن إلى زي باللون الأحمر، وهو لونٌ يميّز السجناء المحكوم عليهم بالإعدام عن الآخرين.

وبينما كان في الاحتجاز حاول مبارك الانتحار وتمّ نقله إلى العناية الفائقة. تمكّن من الهروب بعد بضعة أيام، في ظل ظروف استثنائيّة ودخل إلى لبنان عام 2018 ليجتمع بزوجته وولديه.